Церковь была построена в 1769 году. Храм на этом месте известен с 1712 года. Его построил монах Михайло-Архангельского монастыря Кирилл, да не просто построил, а возвел рядом несколько деревянных келий для нового девичьего Покровского монастыря. Однако долго монастырь тут не просуществовал, четыре инокини были переведены в Введенский монастырь, а церковь осталась стоять на берегу Колокши не у дел. В прошении юрьевского повытчика Григория Меньшикова к Святейшему Синоду указывается, что монастырь здесь существовал до литовского разорения, а также сообщается о запустении девичьей обители. Предлагалось даже перенести церковь отсюда. Деревянная Покровская церковь была вскоре превращена в приходскую.

В 1768 году храм «по недосмотру пономаря и дьячка» полностью сгорел, но жителям окрестных домов удалось спасти из огня книги, ценную утварь и иконы. Год спустя прихожане перестроили свой храм в камне. Это здание и сохранилось до наших дней: высокая пятиглавая церковь с многочисленными резными украшениями по фасадам и красивыми наличниками на окнах. В ней было устроено три престола: главный в честь Покрова Пресвятой Богородицы и два теплых : Святителя Николая и Пророка Илии. В конце XIX века церковь прославилась своим необыкновенным любительским хором, составленным из представителей местной интеллигенции: врачей, учителей, чиновников. Организатором хора был ветеринарный врач Н.И.Любимов. И пел этот хор, по сообщению владимирской газеты, весьма неплохо.

Высокая четырехъярусная колокольня была пристроена к церкви во второй половине XIX века. Она стала одним из высотных ориентиров в городе, видна почти отовсюду, а с тех пор, как в советское время было снесено немало храмов и колоколен, осталась главной высотной доминантой Юрьева.